復(fù)旦大學(xué)化學(xué)系教授楊芃原團(tuán)隊(duì)、中科院計(jì)算技術(shù)研究所研究員賀思敏團(tuán)隊(duì)、國家蛋白質(zhì)科學(xué)中心（上海）研究員黃超蘭團(tuán)隊(duì)合作研究，創(chuàng)建了基于質(zhì)譜的高通量糖基化肽段分析方法pGlyco2.0，為N糖蛋白質(zhì)組學(xué)提供了新技術(shù)。今天，相關(guān)研究成果以《pGlyco2.0：基于綜合質(zhì)控和一步質(zhì)譜法的N糖蛋白質(zhì)組學(xué)糖肽分析方法》為題發(fā)表于《自然·通訊》。
據(jù)悉，楊芃原、賀思敏和黃超蘭為共同通訊作者。楊芃原為該文的Lead Contact。
糖基化是zui復(fù)雜的蛋白后修飾之一。與其他蛋白后修飾相比，糖基化不但會(huì)產(chǎn)生宏觀不均一性（每個(gè)蛋白上可能有多個(gè)后修飾位點(diǎn)），更會(huì)產(chǎn)生海量的微觀不均一性（每個(gè)位點(diǎn)上可能有幾十甚至上百種不同的后修飾基團(tuán)）。此外，糖鏈本身的離子化效率很低。這些因素的結(jié)合使得糖基化分析的通量和質(zhì)量遠(yuǎn)低于蛋白質(zhì)組學(xué)的常規(guī)分析水平。
這項(xiàng)研究通過深入研究和測試質(zhì)譜條件，開發(fā)基于階梯能量的一步質(zhì)譜采集法，提高了糖肽鑒定的通量和開發(fā)具有自主產(chǎn)權(quán)的pGlyco2.0糖肽檢索引擎，從糖鏈、肽段、糖肽三個(gè)層面對(duì)糖肽數(shù)據(jù)庫檢索進(jìn)行質(zhì)控，從而大幅提升了N糖蛋白質(zhì)組學(xué)分析的通量和質(zhì)量。
同時(shí)，研究人員將重標(biāo)元素應(yīng)用于糖肽鑒定準(zhǔn)確度分析，為該領(lǐng)域的質(zhì)控分析提供了新的方法及標(biāo)準(zhǔn)。
專家表示，這項(xiàng)研究報(bào)道了目前zui大的糖基化數(shù)據(jù)集：在1%的假陽性率下，在小鼠的五個(gè)臟器種鑒定到了超過一萬條N糖肽。
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